O CAvEx nasceu da evolução da constituição da AvEx. Na primeira reformulação, em novembro de 1989, foi extinta a DMAvEx e criada a Brigada de Aviação do Exército (Bda Av Ex), que ficou sediada em Brasília - DF até sua transferência para Taubaté em 1991. Em julho de 1993 ocorreu a última reorganização da Aviação, na qual se extinguiu a Bda Av Ex e criou-se o CAvEx com sede em Taubaté.
Subordinado diretamente ao Comando de Operações Terrestres (COTer), o CAvEx é o Grande Comando responsável pela coordenação e controle de todas as atividades de aviação, determinando as diretrizes a serem seguidas pelas demais OM da Aviação do Exército. A ele são subordinadas todas as unidades da AvEx, inclusive o 4º Batalhão de Aviação do Exército, sediado em Manaus.
O Comando do CAvEx possui uma estrutura similar ao comando de uma brigada, as diferenças estão na sua adequação à atividade aérea. Assim, a 2ª e também a 3º Seção são subdividas em duas subseções: uma terrestre, com os encargos comuns a uma brigada, e uma aérea, voltada especificamente para a atividade-fim aérea. Possui, ainda, uma Seção de Investigação e Prevenção de Acidentes Aeronáuticos e uma Divisão de Informática que presta apoio de informática para todas as Organizações Militares subordinadas. 